平成8年度から10年度の調査で確認された階段遺構（階段2・3）は、構造が異なる階段で、踏み石が『階段2』の上に『階段3』が重なって確認されました。築造時代の違いで、階段２が古く階段３が新しい時代のものと考えられています。
平成10年度及び平成11年度の調査で確認された階段遺構（階段4）は、踏み石の大半が、五輪塔や宝篋印塔の基礎などが転用されています。また階段両側の袖石垣にはパネル状の切石が用いられ、石垣を組み合わせるための刳り込み加工もあり、沖縄のグスク等との類似性が指摘されています。階段の踊り場隅からは金箔瓦や階段を上りきった広場では、掘建柱建物跡などが確認されています。
「階段3」は「階段4」と同様に石材の一部に五輪塔や宝篋印塔の基礎などの石塔類が利用されていることから同時代の築造と考えられています。
いずれの階段も、出土状況としては、島原・天草一揆後に破却された原城跡と同様で、使用されていた石材（築石や栗石など）で埋め尽されていました。

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