本丸西側の石垣前面においては、1辺が2～3ｍの方形に地面を掘り込んだ半地下式竪穴建物跡が9区画連なって検出されました。遺構内からは陶磁器や瓦、人骨などが多く出土しました。秋月藩により島原凱旋200年祭（1837年）に描かせた「島原の乱図屏風」には、これらを彷彿とさせる多くの半地下式の小屋が描かれており、島原・天草の一揆の際に構築された施設と考えられます。島原・天草一揆における原城への籠城（ろうじょう）は冬場のことでしたが、これらの遺構からは炉やカマドなど煮炊き用の遺構や、暖をとったような痕跡は見られませんでした。失火を起こさないよう組織的な統制が図られていたことがうかがえます。