原城跡ではこれまでに膨大な量の瓦が出土しています。そのうち軒丸瓦（のきまるがわら）については瓦当の文様に巴文（ともえもん）が採用されています。そうした中、瓦当に花十字紋を施した軒丸瓦を5点確認しています。長崎県内では、長崎市内において教会などキリスト教関連の遺跡でいくつかの出土事例がありますが、南島原では原城跡でのみ出土しています。キリシタン大名の居城で出土した希有な事例です。これらは本丸に取り付く巨大な外舛形虎口の中の、正門跡や埋門跡など門があった場所の近くから出土しています。そうした状況から、おそらく門櫓（もんやぐら）などの主要な建物の一部に使用にされていた可能性が高いと考えられます。
原城本丸の建設は慶長4年(1599)から同9年(1604)にかけて行われたことが、文献や近年の発掘調査で明らかになってきています。イエズス会の『1604年度日本準管区年報』においては(新城)原城がほぼ完成していることや、キリスト教の祝別を受けたことを伺わせる内容が記されており、出土した花十字紋瓦は、早ければこの頃に使用されていた可能性があります。

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