平成１6年度（2004）の発掘調査において、巨大な門の礎石８個・底に平瓦を敷き詰めた水路・階段が確認された門跡です。破却され石垣に使用した石材等によって埋め込まれた状態で、大量の瓦・陶磁器・人骨などが出土しました。礎石の配列から門であることがわかり、本丸正面入口の石垣間に東西約１２ｍ、南北約９ｍの空間内に、桁行（けたゆき）が南北に約８ｍ、梁行（はりゆき）が東西に約４ｍの長方形平面で、ほぼ２ｍ間隔の格子にのる形で礎石が配置されています。１間が６尺５寸（１ｍ９７ｃｍ）の京間を基準とする桁行４間、梁行２間の建物で、枡形（ますがた）を構成する石垣の間におさまる形で、石垣と接して建物があったことが伺えます。礎石の位置から、正面４間のうち中央２間には扉が入り、両脇各1間のいづれかにも扉が入っていたと考えられられます。階段は最初の1段目がわずかに残るのみでした。本丸の正面入口に位置していることから、大手門であることから外観重視のため、重層（２階建て）であった可能性が高いと考えられています。