原城跡は、禁教初期に有馬領や天草のキリシタンが蜂起した「島原・天草一揆」の舞台です。全国的に禁教政策が敷かれる中で起ったこの出来事は、幕府に大きな衝撃を与え、宣教師の潜入の可能性のあるポルトガル船の来航を禁止する2 世紀を越える海禁体制を確立するとともに、残されたキリシタンが潜伏し、自分たち自身で信仰を続けていく契機となりました。
　原城跡全体が禁教初期の物証であり、島原・天草一揆に関係する遺構や遺物が数多く見つかっています。多数の人骨に伴って出土した信心具は、禁教後も潜伏キリシタンが密かに信心具を保持し、組織的に結びついていたことを示しており、禁教期の固有の信仰形態の萌芽を物語っています。